Quake se desarrolla en un mundo en el que el gobierno, tras varios años de investigación y desarrollo, desarrolla un prototipo que hace posible el teletransporte. Sin embargo, el prototipo es corrompido por un enemigo, de nombre en clave Quake, que lo utiliza para enviar a sus criaturas de pesadilla a la dimensión humana, preparando una posible invasión de la Tierra. El gobierno envía un equipo de combatientes a través del portal para eliminar esta amenaza. El jugador asume el papel de un soldado anónimo, único superviviente de la operación. Desde una base aún segura, puede acceder a cuatro dimensiones controladas por el enemigo a través de portales. Cada dimensión permite al jugador adquirir una de las cuatro runas mágicas de Shub-Niggurath, el lugarteniente de Quake encargado de invadir la Tierra. Reunir las cuatro runas permite acceder a la dimensión donde se esconde el demonio.