Quake prend place dans un monde où le gouvernement, après plusieurs années de recherche et développement, développe un prototype rendant possible la téléportation. Celui-ci est cependant corrompu par un ennemi, connu sous le nom de code Quake, qui utilise le prototype pour envoyer ses créatures cauchemardesques dans la dimension des humains, préparant ainsi une possible invasion de la Terre. Le gouvernement envoie alors une équipe de combattants à travers le portail afin d’éliminer cette menace. Le joueur incarne un soldat anonyme, seul survivant de l’opération. À partir d’une base encore sécurisée, celui-ci peut accéder, via des portails, à quatre dimensions contrôlées par l’ennemi. Chaque dimension permet au joueur d’acquérir une des quatre runes magiques de Shub-Niggurath, le lieutenant de Quake chargé d’envahir la Terre. Réunir les quatre runes permet d’accéder à la dimension où se cache le démon.