
Quake III Arena, contrairement aux deux précédents opus de la série, est axé entièrement sur le multijoueur et ne contient aucune histoire. Il met simplement en scène des combattants enlevés à leur environnement par une race mystérieuse, les Vadrigar (visible uniquement sur PS2, le boss de fin). Cette race a créé l'« Arena Eternal », une série d'arènes plus ou moins larges dans lesquels les personnages doivent combattre les autres personnages jusqu'à la mort. Une fois mort, le frag est comptabilisé et le personnage réapparait quelques secondes après, dépouillé de ses armes et munitions accumulées.
Il existe cependant un mode de jeu en solo, mais qui simule le jeu multijoueur en utilisant des bots à la place d'autres joueurs réels.